一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

　　故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑…

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

很久很久以前，一颗神奇的黑磁石落在夸克星球上，由于黑磁石拥有极其庞大的能量与不可思议的魔法能力，让原本好爱和平心地善良的夸克族人，分裂成两派族群，互相争夺这颗灵石，最后一方获得大举胜利并一举占领整个星球，为防止继续壮大而…

现在萌学园已归位，重新回到地球。陶喜儿也发现了自己魔法，起初还不相信，但是通过亮晶晶的劝说，决定试一试。现在各位萌骑士也回到了萌学园，只有艾格尼丝和帝蒂娜还没有找到。现在各位萌骑士魔法还未恢复。

萌学园人心惶惶，学生们纷纷出走，长老会新派任的校长要如何重振萌学园，追查出隐藏在反噬镜里的秘密？

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏着什么天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带…